Ni l'ordre de Malte, ni l'Opus Dei ne sont des ONGs en termes de droit. Mais dans les faits elles sont comme toutes les ONGs les instruments politiques d'une idéologie, voire de services secrets d'un Etat.
On comprend donc l'intérêt du pape pour le contrôle de ces ONGs déguisées que sont l'ordre de Malte ou l'Opus Dei; ce qui ne va pas sans tensions car dans le cas de l'ordre de Malte n'oublions pas qu'il s'agit d'un mini état comme le Vatican.
L'Opus Dei quant à elle est une organisation directement associée à la personne du pape en tant que prélature, techniquement son contrôle renforcé par le pape ne devrait donc pas poser problème. Mais politiquement c'est un autre son de cloches qui pourrait se fait entendre à Rome où la lutte entre conservateurs et progressistes n'a jamais été aussi féroce.